Pieniny kuźnia talentów i triumfy młodych

Pierwsza dekada XXI wieku to przede wszystkim czas sukcesów juniorów klubu ze Szczawnicy. Powstanie sekcji kajakowej w krakowskim AWF oraz klasy sportowej o profilu kajakarstwo slalomowe w krakowskiej Szkole Mistrzostwa Sportowego sprawiły, że zawodnicy rozpoczynający swoją przygodę z kajakarstwem w Pieninach, kontynuowali kariery w klubach krakowskich, zmieniając barwy, lecz nie tracąc ducha wyniesionego z macierzystego klubu. Rola KS Pieniny skupiła się w tym czasie głównie na pracy z młodzieżą i przygotowywaniu zawodników do sięgania po medale w kategorii juniorskiej.

Już w 2000 roku Jakub Małecki zdobywa srebrny medal Mistrzostw Świata Juniorów w konkurencji K1x3. Od 2002 roku sukcesy zaczyna odnosić Grzegorz Polaczyk, który na torze we Wietrznicach sięga po złoty medal MŚ juniorów w K1. Rok później potwierdza swoją klasę, zdobywając również złoto na Mistrzostwach Europy w niemieckim Hohenlimburgu. W sezonie 2004 Grzegorz wchodzi do rywalizacji seniorskiej, kwalifikując się na Igrzyska Olimpijskie w Atenach, gdzie zajmuje 7. miejsce, a na Mistrzostwach Europy plasuje się na 6. pozycji.

W 2006 roku złoty medal Mistrzostw Świata Juniorów w konkurencji K1 zdobywa brat Grzegorza – Mateusz Polaczyk. Bracia Polaczykowie – Grzegorz, Mateusz, Henryk, Łukasz i Rafał – przez lata dominowali w konkurencji K1, nie tylko w kraju, ale również na arenie międzynarodowej. W 2007 roku Grzegorz i Mateusz wspólnie zdobywają tytuł Mistrzów Europy w drużynie K1x3.

Równolegle z sukcesami w K1, zawodnicy Pienin znakomicie radzili sobie również w konkurencjach kanadyjkowych. Czołowym zawodnikiem w kraju był Dominik Węglarz, który w duecie z Dawidem Dobrowolskim w 2009 roku zajął czwarte miejsce indywidualnie na Mistrzostwach Europy U-23, a także czwarte miejsce w zespole na seniorskich Mistrzostwach Świata. Rok wcześniej zdobyli srebro drużynowo na Mistrzostwach Europy. W 2007 roku Marcin i Karol Kasprzak zdobywają srebrny medal Mistrzostw Europy Juniorów w konkurencji C2, a kolejne sukcesy w zespołach odnoszą Grzegorz Kwiatek z Michałem Salamonem oraz Krzysztof Borzęcki. Zawodnicy Pienin stanowili wówczas trzon reprezentacji narodowej juniorów, dominując również na krajowym podwórku – w Mistrzostwach Polski i Ogólnopolskiej Olimpiadzie Młodzieży, skąd co roku przywozili liczne medale.

W 2007 roku funkcję prezesa klubu objął Józef Sarata, który zainicjował nowe wydarzenia sportowe, takie jak Puchar Burmistrza Szczawnicy (dla dzieci i młodzieży, od 2006 roku) oraz Ogólnopolski Maraton Górski Szlakiem Jana Pawła II, którego pierwsza edycja odbyła się w 2009 roku.