Klub Pieniny w okresie przemian ustrojowych

Lata osiemdziesiąte i dziewięćdziesiąte nie należały do najłatwiejszych w historii klubu. Tak jak cały polski sport, klub zmagający się z trudnościami wynikającymi z sytuacji polityczno-gospodarczej kraju doświadcza spowolnienia rozwoju. Na początku lat 90 klub był bliski zawieszenia działalności, mimo to jego zawodnicy wciąż odnoszą sukcesy. Choć reprezentanci Pienin zdobywają kolejne tytuły mistrzów Polski i stają się członkami kadry narodowej, okres ten nie dorównuje wcześniejszym dekadom pod względem rozwoju i liczby sukcesów.

Pomimo trudności organizacyjnych, zawodnicy klubu nie przestają odnosić sukcesów na arenie międzynarodowej. W 1981 roku Zbigniew Czaja zdobywa srebrny medal Mistrzostw Świata w Bala (Wielka Brytania) w konkurencji C2x3. Cztery lata później, w 1985 roku, Piotr Sarata zdobywa brązowy medal Mistrzostw Świata w konkurencji C1x3, również w rywalizacji zespołowej.

W 1992 roku Grzegorz Sarata reprezentuje klub i Polskę na Igrzyskach Olimpijskich w Barcelonie, zajmując 13. miejsce w konkurencji C1. Co ważne, w tych właśnie igrzyskach slalom kajakowy powraca do programu olimpijskiego po 20-letniej przerwie – ostatni raz był rozgrywany w 1972 roku w Monachium. Grzegorz Sarata staje się trzecim w historii zawodnikiem Pienin, który wystąpił na igrzyskach olimpijskich. W swojej karierze zdobywa około 20 medali Mistrzostw Polski – zarówno w slalomie, jak i w zjeździe – stając się czołowym zawodnikiem klubu w tym okresie.

W 1988 roku Międzynarodowa Federacja Kajakowa (ICF) wprowadza Mistrzostwa Świata juniorów, a następnie również Mistrzostwa Europy w tej kategorii wiekowej. Zmiana ta daje zawodnikom szansę na międzynarodową rywazlizację już od najmłodszych lat. W 1990 roku Wojciech Wiercioch zdobywa złoty medal Mistrzostw Świata juniorów w konkurencji C2x3, zapisując się złotymi zgłoskami w historii klubu.

W drugiej połowie lat 90. na krajowych torach kajakowych dominuje Michał Majerczak, specjalizujący się w konkurencji K1. Zdobywa aż 7 złotych medali Mistrzostw Polski, a na Mistrzostwach Świata juniorów w 1998 roku zajmuje 4. miejsce. W kolejnym sezonie, już jako senior, w rywalizacji zespołowej wywalczył 5. miejsce na Mistrzostwach Świata. Mimo imponującej formy nie udaje mu się zakwalifikować na Igrzyska Olimpijskie w Sydney w 2000 roku.

Wśród czołowych zawodników tego okresu należy również wymienić Janusza i Jacka Żebrackich, Łukasza Jurę, Arkadiusza Mazurka, Jakuba Małeckiego oraz Macieja Śmietanę, którzy z powodzeniem reprezentują klub na krajowej scenie sportowej.

W 1997 roku klub doświadcza bolesnej straty – pożar niszczy domek na przystani kajakowej, będący ważnym punktem zaplecza sportowego. Dzięki zaangażowaniu działaczy i społeczności lokalnej, obiekt zostaje odbudowany i oddany do użytku w 2000 roku.